Deux techniques sont disponibles pour la séparation, qui permettent toutes 2 de récupérer les spermatozoïdes mobiles et de morphologie normale :

la technique de la migration ascendante : on place les spermatozoïdes dans des milieux successifs et à chaque étape, on récupère le surnageant. Etant donné que seuls les spermatozoïdes mobiles sont capables de remonter en surface, cette technique permet d’isoler les spermatozoïdes les plus mobiles.

la centrifugation sur gradient de densité : permet de sélectionner les spermatozoïdes en fonction de leur densité, et donc de leur morphologie ( principalement de l’intégrité de leur membrane). La fraction la plus dense, contenant les spermatozoïdes structurellement normaux est récupérée, puis lavée par centrifugation.

Plusieurs études ont démontré la supériorité de la technique du gradient de densité sur la migration ascendante, en matière de rentabilité et de pouvoir fécondant des spermatozoïdes.
Lorsque le sperme est très pauvre en spermatozoïdes, on peut ne réaliser qu’un simple lavage par centrifugation.

Il existe également des milieux de culture permettant d’améliorer la mobilité des spermatozoïdes. Mais, ces techniques sont peu utilisées en FIV classique.